Kémiai modellek

  • Nyomtatás

Egyszerű 3D kémiai modelleket a GÖMB, és a RÚD utasításokkal lehet készíteni. A gömbök méretével, és színével adhatjuk meg az atomokat. A rúd utasítással köthetők össze az atomok. Érdemes minden geometriát egy csoporthoz adni, mert akkor az egészet egyben lehet animálni.

 


Nagyobb atomszám, és kötés esetén sokkal jobb módszer, ha letöltjük a SDF formátumú leírófájlt, ami tartalmazza az atomok koordinátáit, és a kötéseket is. Az SDF fájl tisztán szöveges kódolású, könnyen ki lehet másolni belőle a szükséges sorokat.

Az SDF formátumban szóközökkel pozícionálják az egyes mezőket, tehát nem lehet tetszőlegesen beljebb tolni a sorokat!
Különösen érvényes ez az első sorra, ahol megadja az atomok, és a kötések számát. Ez max. 999 lehet, ezért 100 feletti értékekenél összefolyik a két adat. 
A pirossal jelölt rész az atomok száma, a kékkel jelölt a kötések száma. A sárga részen vannak az atomok koordinátái. Utánuk található az atom jele. 

FONTOS: Ugyanezeket a neveket kell használni a kód elején egyéni névként. Például az oxigént egy piros gömbbel definiáltuk, aminek a neve O. Ezeket a definiáló geometriákat a látómezőn kívül kell elhelyezni, mert ezeket klónozza a megfelelő helye az SDF utasítás. A példában 1000 egységgel az origó fölé helyeztem az összes atomot definiáló gömböt.